Situado originalmente en la isla de File el recinto en el que se encuentra el Templo de Isis se abre con un embarcadero y el pabellón de Nectanebo I a la izquierda, con un pórtico rectangular formado por 14 columnas campaniformes con ábaco hatórico dispuestas en 2 filas simétricas respecto a la edificación. A la derecha se encontraba el Templo de Arensnufis, dios nubio, construido por Ptolomeo IV Filopátor y el rey nubio Ergamene. En este punto estaba situado el dromos, con 2 pórticos uno al oeste, formado por 32 columnas con capiteles mixtos y otro al este, edificado por el emperador Augusto. La decoración de los pórticos incluye  escenas de ofrendas y cartuchos con los nombres de los emperadores Augusto, Claudio, Tiberio, Calígula y Nerón. Junto al pórtico este se encontraba el Templo de Imhotep, funcionario divinizado del faraón Dyeser, encargado de la construcción de la primera pirámide, la pirámide escalonada de Saqqara.

El templo de Isis se abre tras el dromos, como una construcción atípica, pues el recinto no es rectangular y los pilonos no son paralelos. Se accede a través del primer pilono, obra de Nectanebo I, de 45.5 metros de longitud y 18 de altura. En esta entrada monumental pueden verse escenas de matanzas de prisioneros dirigidas por Ptolomeo XII Neo Dioniso a las divinidades Horus, Isis y Hathor junto con cartuchos con el nombre de Nectanebo I. Tras el pilono de entrada al templo se encuentra un mammisi, compuesto por un pronaos y 3 cámaras, construido por Ptolomeo VIII Evergetes II y decorado por Neo Dioniso y Tiberio. Era el lugar de adoración de Isis, y está decorado con escenas relativas al nacimiento, infancia y educación de Hathor.  Curiosamente en una de las paredes del pronaos se encuentra una reproducción en jeroglífico y demótico del decreto de la piedra de Rosetta.

El segundo pilono es algo más corto que el primero, pero con más altura (32 x 22 metros) y está decorado con escenas de matanzas de Ptolomeo XII Neo Dioniso. La sala hipóstila que viene a continuación estaba formada por 10 columnas policromadas y el techo decorado con escenas astronómicas y los símbolos de las Dos Tierras. El naos está compuesto por 112 salas y una cripta decorada con escenas de ofrendas. En el santuario se encuentra además un naos de granito.

Actualmente el recinto encuentra en la isla de Agilkia.

Pabellón de Trajano